2001年8月8日，公路集团前身南京交通建设（集团）有限公司正式挂牌成立，由市交通局出资并管理，这是南京市委、市政府响应国家号召，积极推进投融资体制改革的一项重大举措。公司按照现代企业制度要求，设立了董事会、监事会、经营层和4个职能部门并配备了人员，主要负责南京市高速公路等交通基础设施及相关产业的融资、投资（控股或参股）和统一建设、经营、管理等。
2003年11月，为适应社会主义市场经济发展的需要，不断深化国有资产管理体制改革和投融资体制改革，加速建立现代企业制度，提高南京市的国有资产营运管理效率和投融资能力，促进南京的对外开放和经济发展，我市国资、城建和交通三大平台相继挂牌成立。根据市政府要求，南京交通建设（集团）有限公司由市交通局整建制划至南京市交通建设投资控股（集团）有限责任公司，并同时更名为南京公路发展（集团）有限公司。
2006年9月6日，南京绕越高速公路东南段有限责任公司经南京市人民政府批准，由南京市交通建设投资控股（集团）有限责任公司全额投资成立，主要负责绕越高速公路东南段的融资、投资、建设、运营和管理。目前公路集团与绕越公司为一套班子，两块牌子。
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